一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

在查莫斯大陆里面有一个哥达国，而他的统治者是国王胡加13世，在查莫斯大陆的南部，就是哥达国首都的背面，有一个小村叫做夷美拉村，在这个村里面，流传着一个特别的故事，一个关于怪兽的故事：原来所谓的怪兽

獅子王凱是改造人，改造他的父亲獅子王麗雄在他体内放入了神奇的宝石Gストーン。獅子王凱地球的和平，和邪恶的ゾンダー展开了战斗。