故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。 为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。

影院正在上映奇侠电影《风云公主大冒险》，鸣人（竹内顺子 配音）情不自禁大声喧哗，结果连同波佐助（杉山纪彰 配音）、小樱（中村千绘 配音）一同被赶出电影院。正当鸣人望着电影海报发呆时，竟发现风云公主

立志成为一名考古学者的小狼和古楼国的公主－樱从小青梅竹马。两人虽然互有爱意，但是谁都没有勇气开口。一天夜晚，樱落入了由于为了获得樱所拥有的改变世界的力量而设计陷害他的飞王的阴谋，而失去了全部的记忆

十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”